O Gnuteca subdivide-se em 6 módulos sendo estes Configuração, Administração, Catalogação, Circulação de Material, Buscar e Administração de Usuário.
O Módulo Configuração dividi-se em quatro módulos: Sistema, Grupo, Gerenciamento e Padrões.
No módulo Sistema estão inseridas as seguintes ferramentas: Unidade de Biblioteca, Feriado, Preferência, Preferência da Biblioteca, Agendar Tarefa, Gênero do Material, Área de Classificação, Tipo de Material, Tipo Físico de Material, Conferir Dependências.
No Módulo Grupo: Grupo de Usuário, Grupo de Privilégio, Direito, Política, Política Geral, Associação de Biblioteca, Permissão para Requisição do estado de Exemplar, Grupo de Unidade.
No Módulo Gerenciamento: Relatório, Listagens do Campo Marc, Modelo da Etiqueta, Formato da Lombada, Formato da Pesquisa, Campos Pesquisáveis, Operador da Unidade da Biblioteca, Tipo de Devolução, Servidores Z39.50.
No Módulo Padrões: Estado do Exemplar, Operação, Estado da Multa, Local de Circulação para Material, Regras para Circulação de material, Dominio.

O Módulo Administração divide-se em quatro módulos: Gerenciamento, Pessoa, Imprimir, Processo.
No módulo Gerenciamento: Empréstimo, Renovação, Reserva, Multa, Definir Estado Futuro do Exemplar, Requisição de Alteração do Estado do Exemplar, Fornecedor, Permuta/Doação, Empréstimo entre Bibliotecas, Conteúdo do Formulário, Noticias, Registro do Tipo de Devoluções, Arquivo.
No Módulo Pessoa: Pessoa, vínculo, penalidades.